Devenu roi en 1515, François Ier (1494-1547) signe un an plus tard, à Bologne, un concordat avec le Pape Léon X par lequel le roi de France peut nommer les évêques et abbés. Les rois abusent rapidement de cette facilité pour nommer des proches, en particulier à La Chaise-Dieu.
Les abbés nommés par le roi n’étaient pas tous ordonnés. S’ils venaient à La Chaise-Dieu au moins une fois pour prendre possession de leur charge, ils ne s’intéressaient guère à l’abbaye et se faisaient représenter par un vicaire général. Ainsi Henri d’Angoulême, fils naturel d’Henri II, fut abbé de 1562 à 1586. Son successeur, Charles de Valois, était, lui, le fils naturel de Charles IX ; il résigna en 1597 pour se marier. Son fils, Louis de Valois, devint plus tard abbé de 1609 à 1629 avant de, lui aussi, abandonner la charge. Son successeur fut le cardinal Armand-Jean du Plessis de Richelieu.
En 1533, alors qu’il est en route vers Le Puy en compagnie de la reine Eléonore d’Autriche, François Ier s’arrête à l’abbaye de La Chaise-Dieu où il est accueilli par le premier abbé commendataire, François de Tournon.
En 1562, les huguenots envahissent l’abbaye et la saccagent alors que les moines s’étaient réfugiés dans la tour Clémentine.
Armand-Jean du Plessis de Richelieu fut ministre de Louis XIII de 1624 à 1642 et nommé abbé de La Chaise-Dieu et de Cluny en 1629. Devançant les projets de réorganisation de l’Ordre bénédictin par le pape, il veilla à regrouper l’ensemble des monastères de cet Ordre dans le royaume dans une seule congrégation : la Congrégation des Bénédictins de Saint-Maur [1] dont la maison-mère était à l’origine aux Blancs-Manteaux à Paris.
Le déclin de l’abbaye était évident et le nombre de moines réduit à une cinquantaine. En 1640, il signa l’ordre de rattachement de l’abbaye de La Chaise-Dieu à la Congrégation de Saint-Maur.
[1] Le nom de Mauristes vient de saint Maur, disciple de saint Benoît, qui a introduit l’ordre bénédictin en France : il aurait fondé un monastère sur les bords mêmes de la Loire près de Saumur en 542 (abbaye de Glanfeuil, dénomination actuelle abbaye de St Maur (49 Le Thoureil). Ses reliques sont transférées à Saint-Maur des Fossés (94) en 921.